Министерство иностранных дел Кыргызстана заявило 16 ноября, что «опубликованная информация в газетах ’Нью-Йорк таймс’ и ’Файнэншл таймс’ о якобы имеющихся у руководства республики финансовых претензиях к американской стороне за использование инфраструктуры аэропорта ’Манас’ в предыдущие годы не соответствует действительности» и что «подобные вопросы финансового возмещения решаются в международной практике только в судебном порядке». По словам министерства, «в настоящее время правительства Кыргызстана и США пересматривают технические и финансовые договоренности по использованию инфраструктуры авиабазы для получения максимальной пользы от двустороннего сотрудничества в целях укрепления безопасности в Афганистане», и «МИД не наделял полномочиями посла Кыргызстана в США выступать с какими-либо заявлениями по данному вопросу, а приведенные в публикациях ее комментарии и заявления не отражают официальную позицию страны».
’Нью-Йорк таймс’ привела 14 ноября слова посла Кыргызстана в США Замиры Сыдыковой: «На протяжении четырех лет США мало платили за аренду» и что американцы говорили, что обсудят вопросы недоплаты, но Пентагон пока отказывается платить по этим обязательствам. Газета от себя добавила: «Нынешний президент Курманбек Бакиев настаивает на том, чтобы США доплатили за аренду $80 млн и помогли возместить деньги, полученные за контракты» и что «арендная плата с 2002 года составляла всего $2 млн в год». ’Файнэншл таймс’ сообщила в тот же день со ссылкой на Сыдыкову, что, хотя Пентагон считает, что его просят дважды заплатить за топливо, на самом деле речь идет о справедливой оплате аренды за прошлые годы, что Кыргызстан просто хочет справедливости. Газета добавила, что в прошлом месяце президент Курманбек Бакиев и государственный секретарь США Кондолиза Райс достигли договоренности в Бишкеке, и вопрос включал также и договоренность о пересмотре предыдущих платежей. Статьи на сайтах газет были размещены 14 ноября, в печатном виде они появились 15 ноября.
Кондолиза Райс посетила Бишкек 11 октября, а 1 ноября в Кыргызстане побывал глава Центрального командования Вооруженных сил США генерал Джон Абизейд, после встречи с которым президент Курманбек Бакиев заявил, что между Кыргызстаном и США имеются расхождения по оплате расходов авиабазы, но «эксперты все просчитают и придут к общему мнению». По словам Бакиева, «американская сторона должна оплачивать аренду каждого квадратного метра земли по мировым стандартам».
4 ноября министр иностранных дел Аликбек Джекшенкулов встретился в Бишкеке с контр-адмиралом, директором департамента по планированию и политике Центрального командования США Робертом Мёллером, однако о результатах встречи было объявлено только 8 ноября. Пресс-служба министерства сообщила, что обсуждался вопрос повышения оплаты американской стороной за аренду территории аэропорта «Манас» и «была отмечена необходимость рассмотреть вопрос о дополнительной компенсации, поднятой правительством Кыргызстана».
14 ноября (в день, когда появились статьи в «Нью-Йорк таймс» и «Файненшл таймс») Министерство иностранных дел получило право усилить свою координирующую роль в проведении единой внешней политики Кыргызстана. Согласно указу президента, «с официальными заявлениями и инициативами по вопросам внешней политики государства выступают президент Кыргызской Республики, премьер-министр Кыргызской Республики и министр иностранных дел Кыргызской Республики, а другие лица — по их соответствующему поручению». Однако пресс-служба президента обнародовала указ только 16 ноября.
